Một số nét về vi khuẩn học lâm sàng

Vi hệ bình thường ở cơ thể người

Phổ vi khuẩn thường gặp trên cơ thể người

Số lượng vi khuẩn

Trên da 106/cm2.

Trong miệng 109/ml nước bọt.

Trong tá tràng và hành tá tràng 104/ml (nhiều liên cầu và lactobacili)

Trong đại tràng 1011/g phân khô.

Trong âm đạo 107/ml dịch.

Tuỳ từng địa điểm mà tỉ lệ vi khuẩn kỵ khí và ưa khí có khác nhau

10:1 ở da, đường tiết niệu, phần sinh dục ngoài, âm đạo.

30:1 ở niêm mạc miệng.

100 - 1000:1 trong đại tràng.

Cơ sở của sự cùng chung sống này là: Các vi khuẩn sử dụng oxy tạo ra môi trường vi khí hậu kỵ khí cần thiết cho các vi khuẩn kỵ khí.

Ở mỗi địa điểm đều có các vi khuẩn gây bệnh cơ hội, nghĩa là một khi chúng rời khỏi nơi thường trú và xâm nhập vào nơi khác (bộ phận cơ thể) hoặc mô tế bào khác chúng có thể trở thành tác nhân gây bệnh nguy hiểm (nhất là ở những người giảm sức đề kháng). Ví dụ đại tràng là nơi "dự trữ" nhiều tác nhân gây bệnh (hàng trăm loài vi khuẩn khác nhau); đặc biệt nguy hiểm là:

Các vi khuẩn đường ruột mang các plasmid đề kháng (gọi là R - plasmid) và

Các vi khuẩn kỵ khí gây nhiễm trùng máu và viêm có mủ như Bacteroides fragilis, Peptostreptococcus anaerobius, Peptostreptococcus asaccharolyticus, Clostridium perfringens.

Mỗi một lần điều trị bằng kháng sinh là một lần tác động vào sự cân bằng của vi hệ bình thường; vi khuẩn nhạy cảm với kháng sinh sẽ bị tiêu diệt; dưới áp lực chọn lọc vi khuẩn kháng kháng sinh được giữ lại và làm mất sự cân bằng cho cơ thể người. Mất cân bằng trong vi hệ bình thường cũng có thể phát triển thành bệnh, ví dụ viêm đại tràng giả mạc do Clostridium difficile hoặc rối loạn tiêu hoá sau khi dùng kháng sinh phổ rộng đường uống dài ngày.

Khái quát về chuyển hoá tạo năng lượng

Hiếu (ưa) khí: Vi khuẩn sử dụng oxy tự do của khí trời, ví dụ trực khuẩn mủ xanh, vi khuẩn tả...

Ưa kỵ khí tuỳ tiện: Không nhất thiết cần oxy tự do, không có O2 cũng vẫn phát triển tốt, ví dụ các trực khuẩn đường ruột (Enterobacteria), tụ cầu...

Vi hiếu khí: Phát triển tốt nhất ở điều kiện thiếu O2, ví dụ Haemophilus, phế cầu, lậu cầu...

Kỵ khí: Không sử dụng oxy, thậm chí O2 là độc đối với chúng (các sản phẩm chuyển hoá bằng quá trình này thường có mùi thối), ví dụ Bacteroides, clostridia, peptostreptococci... 

Một số vi khuẩn gây bệnh hay gặp

Tụ cầu (staphylococci): Thuộc vi hệ bình thường trên da, mũi, ống tiêu hoá. Chúng là những vi khuẩn hình cầu (cầu khuẩn), Gram - dương và có thể gây nhiều loại bệnh, trong đó hay gặp là nhiễm trùng vết thương, nhiễm trùng có mủ, nhiễm trùng máu...

Có 3 loài tụ cầu hay gặp, đó là:

Tụ cầu vàng - Staphylococcus aureus: Luôn có enzym coagulase và có xu hướng kháng kháng sinh cao.

Tụ cầu da - Staphylococcus epidermidis (trước đây được gọi là tụ cầu trắng - S. albus) khác tụ cầu vàng là coagulase (-); thường hay thấy ở canule, catheter ... và trong các phẫu thuật cấy ghép tim, xương ...

Tụ cầu hoại sinh -  Staphylococcus saprophyticus hay gặp ở đường tiết niệu, cũng coagulase (-).

Rất nguy hiểm là tụ cầu vàng kháng methicilin - Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) vì chúng thường kháng đa kháng sinh.

Trực khuẩn đường ruột (Enterobacteria): Gồm nhiều thành viên thuộc họ vi khuẩn đường ruột - Enterobacteriaceae; trong đó hay gặp nhất là Escherichia coli, ngoài ra còn hay gặp Proteus... vì chúng là những vi khuẩn sống cộng sinh và hoại sinh trong đường ruột; thậm chí trong máy thở còn gặp Klebsiella. Đó là các trực khuẩn, Gram -âm và cũng có xu hướng kháng kháng sinh cao.

Pseudomonas là các trực khuẩn Gram - âm, hay thấy trong các bể chứa và ống dẫn nước... Vi khuẩn hay gặp nhất là trực khuẩn mủ xanh - Pseudomonas aeruginosa. Đây là vi khuẩn đề kháng hầu hết các kháng sinh thông dụng nhưng có thể còn nhạy cảm với các penicillin chống Pseudomonas (antipseudomonal penicillins) và aminoglycosid đặc trị.

Vi khuẩn kỵ khí (anaerobe) bao gồm nhiều loại khác nhau. Hay gặp là các vi khuẩn sau đây:

Bacteroides là các trực khuẩn Gram - âm, kỵ khí; hay gặp nhất là B. fragilis thuộc vi hệ đường ruột và thường có mặt trong các nhiễm trùng hỗn hợp ổ bụng, khung chậu... thậm chí có thể gây nhiễm khuẩn máu.

Clostridia là các trực khuẩn Gram - dương, kỵ khí, có sinh nha bào và tồn tại trong ruột người và động vật; chúng có mặt trong nước ao hồ kể cả nước biển, trong đất, trong bụi, cả trên quần áo... Hay gặp nhất là Clostridium perfringens gây hoại thư, C. tetanus gây uốn ván... Đây là những vi khuẩn gây bệnh bằng độc tố nên hết sức nguy hiểm.

Peptococci và Peptostreptococci là những cầu khuẩn, Gram - dương, kỵ khí; có mặt trong vi hệ bình thường ở âm đạo, đường ruột, họng, miệng và sinh dục - tiết niệu. Chúng thường phối hợp với các vi khuẩn ưa và kỵ khí khác trong các apxe, nhiễm trùng vết thương và có thể cả nhiễm khuẩn máu.

Một số vi khuẩn khác cũng hay gặp trong các bệnh phẩm ngoại khoa là Enterococci (cầu khuẩn đường ruột); nguy hiểm nhất là Enterococcus faecalis kháng vancomycin. ở vùng răng hàm mặt còn có thể gặp Actinomyces.

Một số vi khuẩn hay gặp trong các bệnh phẩm ngoại khoa

Các bệnh phẩm hay gặp của ngoại khoa là các dịch, mủ, chất tiết và apxe.

Trong bệnh phẩm vùng ổ bụng hay gặp các trực khuẩn đường ruột, trực khuẩn Gram - âm kỵ khí và clostridia.

Trong bệnh phẩm ổ apxe hay gặp nhiều loại, đơn hoặc phối hợp: cầu khuẩn Gram - dương, trực khuẩn Gram - âm; tuỳ vị trí có thể có vi khuẩn kỵ khí và amip.

Trong bệnh phẩm từ da và dưới da (subcutaneous)

Thường do tụ cầu.

Da, hở: Có thể có liên cầu tan máu bêta hoặc tụ cầu.

Vết thương, nhiễm trùng bệnh viện: Vi khuẩn thuộc vi hệ trên da hoặc vi hệ đường ruột. Nếu trong sinh thiết hay gặp trực khuẩn đường ruột. Nên giữ sạch vết loét vì có thể vi khuẩn từ ổ loét vào máu.

Bệnh phẩm từ vết bỏng: Hay gặp tụ cầu, trực khuẩn mủ xanh và trực khuẩn đường ruột. Theo báo cáo của Viện bỏng Quốc gia (năm 1992 - 1993): Tụ cầu 26,9%; Proteus 25,0%; trực khuẩn mủ xanh 21,3%. ở Bệnh viện Việt Nam - Thụy  Điển Uông Bí - Quảng Ninh (1991 - 1995): Tụ cầu 51,6%, trực khuẩn mủ xanh 40,2%. ở Bệnh viện Thái Bình (1995 - 1997): Tụ cầu 60,9%, trực khuẩn mủ xanh 25,1%.

Bệnh phẩm dịch: Bình thường các dịch như dịch màng phổi, dịch bao khớp, dịch màng tim, túi hoạt dịch là vô trùng.

Nếu bị nhiễm trùng thì có thể gặp vi khuẩn, virus và nấm. Thường là do một loại vi sinh vật nhưng có thể gặp ³ 2 loại gây nên. Nếu dịch màng phổi thì vi khuẩn hay gặp là phế cầu, liên cầu, Haemophilus influenzae, cầu khuẩn kỵ khí hay Bacteroides.